Bereits bei der Planung eines Experiments müssen Lehrkräfte im Rahmen der erforderlichen Gefährdungsbeurteilung klären, wie Reste und Abfälle gefahrlos und umweltverträglich beseitigt werden können.
Gefahrstoffabfälle sind entsprechend ihren Gefährdungspotenzialen getrennt voneinander zu sammeln. Hierfür sind Behälter bereitzustellen, die nach Größe und Bauart für die Sammlung der einzelnen Abfallarten geeignet sind. Diese Sammelbehälter müssen ordnungsgemäß gekennzeichnet und geschlossen sein und so aufbewahrt werden, dass sie Unbefugten nicht zugänglich sind.
Üblicherweise werden an Schulen wässrige Abfälle, Abfälle von organischen Lösungsmitteln und Feststoffabfälle getrennt gesammelt. Regelungen dazu erstellen die örtlich zuständigen Entsorgungsunternehmen. Für die Organisation der Entsorgung ist der Sachkostenträger zuständig. Der Transport von gefährlichen Abfällen auf der Straße durch Lehrkräfte oder Hausmeister ist nicht erlaubt.
Die Entsorgung gefährlicher Abfälle ist in solchen Zeitabständen (mindestens einmal pro Schuljahr) und so vorzunehmen, dass das Aufbewahren, der Transport und das Beseitigen dieser Stoffe nicht zu einer Gefährdung führen können. Bis zum Abtransport werden die Gefahrstoffabfälle nach den gleichen Regelungen aufbewahrt und gelagert wie die Gefahrstoffe selbst.
Die Sammlungsleiterin oder der Sammlungsleiter überprüft in regelmäßigen Abständen, ob die Behälter nicht schadhaft geworden sind.
Abfälle, die aufgrund ihrer chemischen Eigenschaften nicht von Dritten entsorgt werden, sind durch Fachleute gefahrlos zu vernichten oder in eine entsorgungsfähige Form umzuwandeln.
Verschüttete flüssige Gefahrstoffe sind unverzüglich mit einem geeigneten Absorptionsmittel aufzunehmen. Es ist darauf zu achten, dass das Absorptionsmittel für die chemischen Eigenschaften der Flüssigkeit geeignet ist, bewährt haben sich auch Universalabsorber. Für Quecksilber gibt es im Fachhandel spezielle Absorberkits.
Behälter für Abfälle von entzündbaren Flüssigkeiten sind wie entzündbare Flüssigkeiten im Sicherheitsschrank zu lagern. Behälter für saure oder basische Abfälle gehören in den Schrank für Säuren oder Laugen.
Behälter für organische Lösungsmittel, die größer als 5 Liter sind, müssen ableitfähig ausgeführt sein. Während des Befüllens und Entleerens der Behälter müssen alle leitfähigen oder ableitfähigen Teile des Systems (Trichter, Behälter) elektrisch leitend verbunden und geerdet sein.
Abfallbehälter sind nach der Technischen Regel für Gefahrstoffe - TRGS 201 „Einstufung und Kennzeichnung bei Tätigkeiten mit Gefahrstoffen“ zu kennzeichnen. Die Kennzeichnung soll beständig und fest anhaftend sein. Abfalletiketten können mit dem Programm DEGINTU ausgedruckt werden.
Abfallbehälter für den außerbetrieblichen Transport müssen den Vorschriften über den Transport von Gefahrgut entsprechen. Das Verfahren der Entsorgung soll mit dem Entsorger abgestimmt werden, da die Entsorgungskonzepte unterschiedlich sein können.